Esaurita la fase di avvio, il secondo piano di lavoro si è concentrato sull'approfondimento e sviluppo delle iniziative progettate.
Nell'avviare il monitoraggio della qualità delle scuole cattoliche, sulla base degli esiti della ricerca "Per una cultura della qualità nella Scuola Cattolica: promozione e verifica" (che aveva costituito l'oggetto del Terzo Rapporto annuale nel 2001), l'Osservatorio del CSSC ha operato in base ai seguenti orientamenti: approfondire gli aspetti che riguardano l'identità e la specificità della scuola cattolica; aiutare le scuole e i CFP ad acquisire una cultura della valutazione e della qualità; evitare i doppioni con l'Invalsi; operare secondo il principio di sussidiarietà. In particolare, sono state realizzate le seguenti attività: preparazione di un documento sui concetti fondamentali della qualità da mettere a disposizione di tutta la scuola cattolica per chiarire una materia che appare ancora poco conosciuta e confusa; revisione da parte della Fism del questionario qualità, tenendo conto degli strumenti predisposti dall'Invalsi; revisione degli strumenti del monitoraggio quantitativo per una loro migliore e più ampia usabilità; revisione della mappa della qualità e dei criteri cardinali; stimolo e sostegno alla Fism e alla Fidae in vista dell'elaborazione di un manuale di qualità; confronto con l'Invalsi per delineare sempre meglio la specificità dei ruoli di ciascuna istituzione e verificare le possibilità di collaborazione.
Ampio ed efficace è risultato il programma delle iniziative che il CSSC ha realizzato nel campo delle innovazioni strutturali. In questo ambito ha cooperato, sempre per gli aspetti di studio, ricerca e sperimentazione, con la Confap e con Forma per realizzare la messa a regime di un percorso graduale e continuo di formazione professionale parallelo a quello dei licei e dell'università dai 14 ai 21 anni, come previsto dalla riforma Moratti. Inoltre, ha contribuito a promuovere una forte iniziativa culturale e di sperimentazione nella logica delle buone prassi allo scopo di appoggiare l'azione degli Enti formativi di ispirazione cristiana e ha anche sostenuto gli sforzi degli organismi formativi mirati all'accreditamento ed eventualmente in vista della certificazione di qualità.
Tenendo conto dei risultati della ricerca sulla qualità, il CSSC era impegnato ad assistere per gli aspetti di studio, ricerca e sperimentazione il CNSC e le scuole cattoliche nel potenziamento della formazione in servizio dei docenti e dei dirigenti, nella valorizzazione dei docenti laici attraverso la realizzazione di un'ipotesi organizzata di formazione iniziale specifica, nella valorizzazione dei docenti religiosi mediante la proposta di strategie per la promozione del loro specifico carisma e nello sviluppo della co-formazione, cioè di momenti comuni di formazione per dirigenti, docenti e genitori. Di tutto il complesso delle azioni di formazione è stata realizzata in questo periodo solo la parte relativa ai dirigenti e ai genitori.
Nel 2003-04 è stato realizzato il primo progetto di formazione del personale responsabile della direzione di scuole cattoliche paritarie. Grazie ad un finanziamento del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca la sua attuazione è stata affidata da scuole della Fism e della Fidae all'Università Cattolica di Milano che ha curato il progetto in collaborazione con il CSSC, la Fidae, la Fism, l'Isre di Venezia e la Lumsa di Roma.
In relazione ai genitori è stato espresso l'intento di organizzare un percorso di riflessione, coinvolgendo le associazioni interessate, per precisare le loro funzioni specifiche nella scuola e quindi come essi possano veramente diventare soggetti della scuola cattolica, intesa come scuola della società. L'obiettivo si è realizzato con la prima indagine nazionale sui genitori di scuola cattolica, che ha costituito l'oggetto del Quinto Rapporto, cui è seguito un vasto impegno del CSSC per la diffusione di quei risultati.
In merito all'obiettivo iniziale di elaborare una proposta sui contenuti essenziali che evidenziasse la specificità del curricolo nel rapporto tra cultura, fede e vita, il primo problema è consistito nell'abbandono, con la riforma Moratti, della terminologia e della strategia dei contenuti essenziali, sostituita con l'ipotesi dei piani di studio personalizzati. Entro questo nuovo quadro, si è proceduto anzitutto a identificare mediante la realizzazione del seminario su "Scuola Cattolica e ispirazione cristiana" le implicazioni di un rinnovamento cristiano della scuola cattolica nel contesto della riforma scolastica, cercando di precisare quali domande ne vengono alla scuola cattolica stessa, e perciò quali risposte.
In relazione alle innovazioni metodologiche che si volevano introdurre attraverso un ripensamento della didattica della scuola cattolica in vista di una pedagogia del successo per tutti, mediante una sperimentazione rigorosa di modelli accreditati, il CSSC non è riuscito ad impostare un programma di attività, sia perché il periodo è stato dominato dalla preoccupazione per le riforme strutturali, sia perché le risorse disponibili erano già impegnate in altre iniziative.
Uno specifico e qualificante settore di ricerca è consistito nel partecipare ad una ricerca nazionale promossa dalla CEI sull'insegnamento della religione cattolica nelle scuole statali e paritarie, i cui risultati, limitatamente alla scuola cattolica, sono poi confluiti nel Settimo Rapporto apparso nel 2005.
Al rafforzamento del legame delle Scuole Cattoliche con la comunità ecclesiale locale, il CSSC ha dedicato uno specifico seminario dal titolo "Per un progetto unitario di scuola cattolica: organizzazione sul territorio, identità e IRC", che ha costituito l'occasione per verificare il primo impatto della scheda mandata ai Vescovi dalla Commissione Episcopale per l'Educazione Cattolica, la Scuola e l'Università sulla organizzazione della rete diocesana delle scuole cattoliche e dei CFP di ispirazione cristiana.
Era altresì previsto un programma per il potenziamento del sostegno alle scuole in difficoltà, ma non è stato realizzato per mancanza di risorse. Tuttavia, il CSSC si è impegnato diversamente per la soluzione del problema della parità economica delle scuole cattoliche.
L'obiettivo di rafforzare il CSSC come centro di documentazione e osservatorio della qualità ha trovato attuazione mediante la realizzazione di gran parte delle iniziative previste. Si è proseguito nella raccolta delle informazioni statistiche sulle scuole cattoliche e i CFP di ispirazione cristiana, si è avviato un sito web del CSSC, tra l'altro mettendo a disposizione su internet la banca dati contenente le informazioni menzionate, si è avviata l'organizzazione di un osservatorio della qualità della scuola cattolica.
Il ruolo di elaborazione culturale degli elementi fondativi dell'identità di scuola cattolica è stato svolto mediante l'organizzazione di due seminari: uno su "Scuola cattolica: Finalità educative e identità distintive" (17 novembre 2001) e l'altro su "Scuola cattolica e ispirazione cristiana" (28 novembre 2003).
L'obiettivo della revisione della struttura del CSSC ha spinto a riflettere ripetutamente sul tema durante le riunioni del Comitato Tecnico Scientifico senza, però, che si sia arrivati a un vero documento di proposte. Il rafforzamento della efficienza dell'azione del CSSC ha trovato un sostegno sufficiente sul piano delle risorse in quanto a livello del personale è aumentata la possibilità di utilizzare esperti per consulenze Al contrario non si è riusciti a potenziare il nucleo stabile del CSSC. Il Comitato Tecnico Scientifico ha continuato a svolger principalmente funzioni di garanzia piuttosto che di elaborazione, anche se non sono mancati tentativi concreti di rendere più efficace e puntuale il suo apporto, non soltanto corretto sotto il profilo procedurale.
