Nella prima fase della sua vita il CSSC ha concentrato la sua attività sui seguenti punti, che costituiscono i nuclei fondamentali della sua proposta culturale.
1) In primo luogo occorreva operare affinché il CSSC potesse disporre delle risorse necessarie sul piano delle persone, delle strutture, delle attrezzature e dei mezzi finanziari. È stato quindi nominato il primo Comitato Tecnico Scientifico d è stata completata la struttura operativa a livello intermedio ed esecutivo.
2) Sul piano concreto della proposta e dell'elaborazione culturale occorreva dare consistenza nella scuola cattolica al progetto culturale della Chiesa italiana, tenendo conto del cammino allora in atto verso il Giubileo del 2000, ma soprattutto mediante la preparazione e la celebrazione dell'Assemblea Nazionale sulla scuola cattolica. La traduzione di un progetto pastorale di Chiesa in un programma culturale di natura scolastica si è realizzato di fatto con la celebrazione dell'Assemblea Nazionale sulla scuola cattolica, svolta nell'ottobre del 1999 e preparata dal CSSC attraverso diversi seminari di studio e attraverso una specifica presenza culturale nelle Assemblee interregionali, al fine di assicurare un riscontro delle tematiche in discussione nella realtà delle scuole/CFP. Il CSSC ha inoltre fornito un apporto essenziale alla formulazione del documento di lavoro dell'Assemblea, preoccupandosi soprattutto che contenesse le più fondamentali ipotesi di innovazione della scuola cattolica, e ha redatto i testi per i laboratoriin modo che fosse possibile a tutti i soggetti dell'Assemblea una reale partecipazione a problematiche così nuove e complesse. Insieme con il CNSC ha preparato le conclusioni dell'Assemblea soprattutto attraverso la redazione di una carta di impegni programmatici, mirata a presentare alla società civile ed ecclesiale la scuola cattolica.
3) È stato poi rilevante l'impegno di verificare la qualità della scuola cattolica attraverso l'elaborazione di indicatori, la costruzione di un sistema di valutazione e la definizione per i CFP di parametri per la certificazione e l'accreditamento. Si è così avviata una specifica ricerca sulla qualità nella scuola cattolica, percorrendone le varie fasi fino alla conclusione, che di fatto è andata a cadere nel successivo periodo di programmazione. La fase preparatoria ha consentito una individuazione più precisa delle finalità, degli obiettivi, delle esigenze da rispettare nel disegno di analisi; la fase progettuale ha definito l'impianto concettuale e metodologico comune; quella attuativa ha validato il modello di analisi della qualità e messo a punto itinerari metodologici di valutazione in rapporto a tre sottoprogetti (Fism, Fidae e Confap). La fase finale ha elaborato una propostadi indicatori di qualità, di criteri per un sistema di valutazione che fosse tavola di confronto per le scuole cattoliche, di parametri per la certificazione e l'accreditamento dei CFP e/o degli Enti di FP di ispirazione cristiana e ha fornito indicazioni per la creazione di un Osservatorio sulla qualità della scuola cattolica presso il CSSC.
4) In tema di parità scolastica, il CSSC ha svolto un ruolo di consulenza nella preparazione dei vari documenti con cui il CNSC e la relativa Giunta hanno cercato di articolare le esigenze della scuola cattolica nel dibattito politico, dando attenzione prioritaria e specifica alla parità nel quadro dell'autonomia e del terzo settore, realizzando così una partecipazione critica e costruttiva rispetto alle riforme che stavano coinvolgendo allora tutta la scuola italiana.
5) Il CSSC ha quindi avviato la concretizzazione di una banca dati informatizzata attraverso la realizzazione nel 1998-99 della prima raccolta di informazioni quantitative e qualitative sulle scuole/CFP della Fism, Fidae e Confap, proseguita già nel 1999-2000.
6) A partire dal 1999 si è avviata la pubblicazione dei Rapporti annuali che, insieme ai seminari periodici (due o tre all'anno), hanno rappresentato una sorta di forumper le questioni relative alla scuola cattolica e l'occasione per presentare al pubblico i nuovi organismi unitari di scuola cattolica (CNSC e CSSC).
